Susunan struktur organisasi yang ada pada Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BKPSDM) Kabupaten Kotabaru adalah sebagai berikut:

Struktur Organisasi Badan Kepegawaian Pendidikan Dan Pelatihan Daerah (BKPPD) Kabupaten Kotabaru terdiri dari :
- Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan
- Sekretariat terdiri dari :
a. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
b. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Bidang Pengadaan dan Pengembangan Aparatur terdiri dari :
a. Sub Bidang Formasi dan Pengadaan
b. Sub Bidang Diklat Teknis, Fungsional dan Penjenjangan
c. Sub Bidang Pengembangan Kompetensi
- Bidang Mutasi dan Promosi terdiri dari :
a. Sub Bidang Mutasi
b. Sub Bidang Kepangkatan
c. Sub Bidang Pengembangan Karir dan Promosi
- Bidang Disiplin, Kesejahteraan dan Informasi terdiri dari :
a. Sub Bidang Disiplin dan Penilaian Kinerja
b. Sub Bidang Kesejahteraan dan Fasilitasi Aparatur Sipil Negeri (ASN)
c. Sub Bidang Data dan Informasi
- Unit Pelaksana Teknis
- Kelompok Jabatan Fungsional