Susunan struktur organisasi yang ada pada Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BKPSDM) Kabupaten Kotabaru adalah sebagai berikut:

Struktur Organisasi Badan Kepegawaian Pendidikan Dan Pelatihan Daerah (BKPPD) Kabupaten Kotabaru terdiri dari :

1. Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Pelatihan
2. Sekretariat terdiri dari :
   a. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
   b. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
3. Bidang Pengadaan dan Pengembangan Aparatur terdiri dari :
   a. Sub Bidang Formasi dan Pengadaan
   b. Sub Bidang Diklat Teknis, Fungsional dan Penjenjangan
   c. Sub Bidang Pengembangan Kompetensi
4. Bidang Mutasi dan Promosi terdiri dari :
   a. Sub Bidang Mutasi
   b. Sub Bidang Kepangkatan
   c. Sub Bidang Pengembangan Karir dan Promosi
5. Bidang Disiplin, Kesejahteraan dan Informasi terdiri dari :
   a. Sub Bidang Disiplin dan Penilaian Kinerja
   b. Sub Bidang Kesejahteraan dan Fasilitasi Aparatur Sipil Negeri (ASN)
   c. Sub Bidang Data dan Informasi
6. Unit Pelaksana Teknis
7. Kelompok Jabatan Fungsional