Susunan struktur organisasi yang ada pada Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BKPSDM) Kabupaten Kotabaru adalah sebagai berikut:

Struktur Organisasi Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BKPSDM) Kabupaten Kotabaru terdiri dari :

1. Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia
2. Sekretariat terdiri dari :
   a. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
   b. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
3. Bidang Pengadaan dan Pengembangan Aparatur terdiri dari :
4. Bidang Mutasi dan Promosi terdiri dari :
5. Bidang Disiplin, Kesejahteraan dan Informasi terdiri dari :
6. Unit Pelaksana Teknis
7. Kelompok Jabatan Fungsional